冷凍干燥機技術用途十分廣泛，包括：

1）實驗室：用凍干的方法來保存生物標本、菌種等。此外，凍干被用于準備用做結構研究（例如電鏡研究）的組織樣品，冷凍干燥也應用于化學分析中，它能得到干燥態(tài)的樣品，或者濃縮樣品以增加化析敏感度。在實驗室中一般以臺式和小型干燥機為主。

2）制藥行業(yè)：一些制藥廠用凍干的方法來生產抗菌素、疫苗、血清和各種生物藥品。在生產中只要使用大型冷凍干燥機。

3）食品行業(yè)：用凍干的方法生產食品，主要品種有：蘑菇、大蒜、蔬菜、牛肉、海產品、咖啡等等。也是主要使用大型冷凍干燥機。

4）其他：凍干產品生產幾乎包羅萬象，諸如各種飲料、調料、快餐食品、小食品、保健食品、水產、肉蛋、食用菌、酶制劑、藻類等等